Franz H.U. Borkenhagen ist seit Juli 2010 Leiter des Arbeitskreises Internationale Sicherheitspolitik der Friedrich-Ebert-Stiftung. Von April 2006 bis Januar 2010 war er Fellow der Bertelsmann Stiftung. Zuvor leitete er von Juli 2002 bis November 2005 den Planungsstab des Bundesministers der Verteidigung in Berlin.